К сожалению, AFAIK не существует простого способа сделать это сегодня.
Один из способов справиться с этим - создать DDL, а затем вырезать и вставлять новые разделы в SQL Server Management Studio и запускать их там.Если вы хотите поддерживать сценарии для каждого выпуска базы данных, вам нужно использовать такой же подход.
См. Также: Миграция базы данных для Entity Framework 4
PS Блок питания EF: http://msdn.microsoft.com/en-us/data/ff830362.aspx может помочь.В нем говорится «Вторая полезная функция, связанная с моделью, - это возможность обновлять существующую базу данных и синхронизировать модель с ней. Это позволяет вносить изменения в модель, которые могут быть развернуты в базе данных без потери данных».