Да, IIS Express будет запускать приложения PHP.
Visual Studio может редактировать файлы PHP (и любые другие текстовые файлы), но IIS Express не добавляет никаких дополнительных интеграций между PHP и Visual Studio, включая отладку. Теоретически можно создать проект в Visual Studio из файлов PHP и настроить его на запуск из IIS Express, но отладки не будет.
IDE WebMatrix позволяет редактировать файлы PHP (и любые другие текстовые файлы), но не позволяет отлаживать приложения PHP.