Я не уверен, что именно вы имеете в виду, но если это проблема с вашим HTML-изменением при помещении в TinyMCE, тогда это поможет.
Вам нужно будет отредактировать ваши valid_elements. Смотрите ссылку для получения инструкций
http://wiki.moxiecode.com/index.php/TinyMCE:Configuration/valid_elements
Если проблема не связана с получением HTML-кода из TinyMCE при его сохранении, используйте следующее:
var content = tinyMCE.getInstanceById(element_id).getBody().innerHTML;