Я никогда не работал с сенсорными экранами, но я склонен думать, что они работают так же, как мышь. Так что, если это правда, я думаю, вы можете использовать хуки Windows для захвата событий. Если событие происходит с клавиатуры (я предполагаю, что оно одиночное), направьте его в ваше первое окно. Если событие происходит от мыши, проверьте его координаты (или, возможно, идентификатор устройства, если оно есть, я не знаю). Если оно находится в вашем первом окне, прямой ввод в него. Если он находится на втором экране, прямой ввод во второе окно.
Если экран не похож на мышь, я думаю, вы найдете другой способ поставить на него зацепку.
Я не знаю, сработает ли это. Это просто концептуальная идея.
Редактировать: Конечно, вам нужно определить, какое приложение должно получать сообщения на первом экране. Я предполагаю, что Z-порядок может помочь, если пользователь не открывает какое-либо приложение сверху. Может быть лучше отследить сообщения OnFocus (или что-то подобное), чтобы отслеживать, какое приложение получает фокус (исключая ваше другое приложение).
(Комментарии, объясняющие любые недостатки этого метода, приветствуются!)