Я бы предположил, что id, установленный в mxml, является именем переменной, которая также устанавливает внутренний идентификатор (myButton.id = "myButton"). Поэтому вы можете изменить myButton.id на "yourButton", потому что idи имя переменной - это разные свойства.
Странно, хотя я признаю.
Если бы вы захотели создавать пользовательские компоненты при заполнении вашего основного приложения, я бы искал другой подход, чемвыкладывая их все в mxml.Возможно, было бы лучше создать компоненты в Actionscript и установить их в MXML?(например, ваш главный класс - приложение mxml, а затем у вас есть класс, который выполняет тяжелую работу по созданию представления со всеми вашими именованными компонентами)