Я использовал внешнюю утилиту, чтобы сделать преобразование, и вызвал ее из R. Все файлы имели ведущую таблицу с нужной информацией
Установить путь к pdftotxt.exe и преобразовать pdf в текст
exeFile <- "C:/Projects/xpdfbin-win-3.04/bin64/pdftotext.exe"
for(i in 1:length(pdfFracList)){
fileNumber <- str_sub(pdfFracList[i], start = 1, end = -5)
pdfSource <- paste0(reportDir,"/", fileNumber, ".pdf")
txtDestination <- paste0(reportDir,"/", fileNumber, ".txt")
print(paste0("File number ", i, ", Processing file ", pdfSource))
system(paste(exeFile, "-table" , pdfSource, txtDestination, sep = " "), wait = TRUE)
}