Во-первых, в использовании фреймворка нет ничего плохого, если только он не вводит ненужные сложности и / или потери производительности для небольших приложений. В PHP фреймворки Symfony и Laravel довольно хороши в этом отношении.
Сказав это, если вы действительно не хотите «чужой» фреймворк, вы все равно в конечном итоге напишите свой собственный. Так что лучше планировать это. Просто возьмите ваш любимый фреймворк и структурируйте свой проект точно так же, как если бы вы использовали этот фреймворк . Затем напишите самоклеящийся код (т. Е. Свой собственный мини-фреймворк). Если вы заметите, что ваш проект растет больше, чем ожидалось, у вас не будет особых проблем с переходом на «реальный» фреймворк.
Однако, если вы действительно не хотите использовать что-то похожее на фреймворк, потому что ваше приложение очень маленькое, просто поместите все в один файл. В этом файле вы, конечно, должны четко разделять презентацию, CSS, логику приложения и т. Д.! Но в минимальном приложении нет необходимости разбираться с несколькими файлами.