Если вы используете веб-сервисы или TCP-соединение или что-то еще для связи, то не должно быть никаких проблем.Но если вы связываете классы с вашим проектом компактного фреймворка из настольного проекта, тогда только код должен быть совместимым, чтобы он мог компилироваться.В противном случае нет никаких причин, почему это не должно работать.Вы можете обновить событие до компактной платформы 3.5, чтобы получить больше языковых возможностей.