Если Wrapper - это идентификатор вашего контейнера div, разве вы не можете просто добавить к нему свой html вместо body?
<script type="text/javascript">
$(function() {
$('a.poplightOne').hover(function(e) {
var html = '<div id="infoOne">'
html += '</div>';
$('#Wrapper').append(html).children('#infoOne').hide().fadeIn(400);
$('#infoOne').css({
position: 'absolute',
top: '10px',
left: '10px
});
}, function() {
$('#infoOne').remove();
});
});
</script>
Я не уверен, правильно ли я понимаю.Если вы хотите, чтобы ваш div шел после вашего элемента Wrapper, тогда ваш js выглядит нормально, но вам придется изменить свой css, чтобы тело было относительным, а у вашего Wrapper и нового элемента должен быть относительный css с возможным float.