Вот простое регулярное выражение MySQL, которое допускает определенные символы между группами чисел.
SELECT telephone_number
FROM table
WHERE telephone_number REGEXP '^1[() -]*999[() -]*999[() -]*9999$';
Это соответствует вашим записям, но не форматирует их так, чтобы разное. символы удаляются, но вы, по крайней мере, можете найти записи, соответствующие указанному номеру.
Вы можете легко исправить форматирование, изменив это в операторе обновления.