Чтобы изменить только JS, вам не нужно вообще взламывать модуль.Вместо этого вы можете использовать систему тем для изменения того, какие сценарии отправляются на страницу.
На странице предварительной обработки template.php:
$scripts = drupal_add_js();
unset($scripts['module']['whatever/the/path/is/lightbox.js']);
$scripts['module']['new/js/path/lightbox.js'] = array('preprocess' => 1, 'cache' => 1);
$variables['scripts'] = drupal_get_js('header', $scripts);
Я предлагаю вам затем скопировать через лайтбокс jsна новый путь и вносите свои изменения там, а не с нуля.
Некоторые модули имеют свои собственные функции и функции тем, которые вы можете переопределить напрямую, так что, возможно, для них также стоит немного поработать в модуле лайтбокса.