В разработке Visual Studio для Windows Mobile «цель» используется в основном для целей отладки и определения того, какой эмулятор или устройство вы хотите использовать для сеанса отладки.
Если конкретные API-интерфейсы для Windows Mobile 6 не используются, ваш исполняемый файл должен без проблем работать на устройстве Windows Mobile 5.