Прежде всего, это некорректный HTML <head> <body> </head> <body>, сделайте его <html> <head> <scripts .../></head> <body> </body></html>. Это сделает вашу вторую страницу похожей на первую.
Я добавил XHTML DTD, чтобы исправить выравнивание по центру
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">. Это сделает вашу первую страницу более похожей на Chrome и Firefox.
Наконец, вы используете теги HTML5 <header> и <nav>. HTML5 не полностью поддерживается в IE, Firefox Chrome поддерживает его частично. Я бы скептически отнесся к их использованию сейчас или, по крайней мере, к тестированию во всех браузерах. Хотя я вижу, что вы добавили один JS для имитации HTML5 в IE. Поместите это перед телом. Но интересно, как он имитирует HTML5:).