Не могли бы вы просто добавить второй маркер?
jxTable.getHighlighters().addHighlighter()
Тот, который применяется только тогда, когда JXtable эффективно фильтруется.
Если это невозможно, поскольку после выделения строки другие маркеры могут не вызываться, вы можете определить контроллер , который:
a) имеет свойствоChangeListner для таблицы, прослушивающее отфильтрованное состояние
б) имеет специальный Предикат с набором строк и подсветкой
в) в propertyChange проверьте строку, переключите предикат маркера между НИКОГДА и вашим обычаем в зависимости от ситуации. Изменение свойства маркера приведет к перерисовке
Принудительное перекрашивание - это, в основном, пример HighlighterClientVisualCheck в пакете test.org.jdesktop.swingx.renderer.