Я бы поспорил за вариант 1.
Если вы выберете вариант 2, тогда вашей логике для отображения подпапок потребуются запутанные проверки, чтобы убедиться, что id_folder и id_parent не совпадают.
Вариант 1:
SELECT * --don't kill me for using *, it's just for an example
FROM Folders
WHERE id_parent = @folderId
Вариант 2:
SELECT * --don't kill me for using *, it's just for an example
FROM Folders
WHERE id_parent = @folderId AND id_parent <> id_folder