JVM - это виртуальная машина Java, пространство памяти, в которое загружаются классы (код) и объекты (данные) используются совместно. JVM эквивалентен процессу операционной системы.
Когда вы вводите java... в командной строке, вы выполняете независимый процесс, который загружает классы Java в память, базовые классы из Java и ваши (из указанных вами файлов .class или .jar).
Другая команда java... загрузит другой процесс с собственной памятью и сама загрузит классы.
Беспорядок слов экземпляра : когда вы говорите «два экземпляра одной и той же JVM». Обычно экземпляр JVM называется отдельным процессом, то есть загруженной независимой JVM. Если вы говорите: два процесса работают под управлением JVM 1.5, хорошо, это одна и та же JVM в том смысле, что это одна и та же версия, но это разные процессы, разные «экземпляры», независимые во всех смыслах.
Путаница с веб-приложением: Веб-приложение (например) - это просто набор классов и объектов, созданных на основе определенного URL-адреса на веб-сервере. Вы можете запустить Tomcat с 10 различными приложениями, то есть с 10 различными группами классов и объектов, каждый из которых выполняет разные запросы, но фактически они совместно используют одно и то же пространство памяти (процесс ОС). Веб-приложение не может касаться объектов другого веб-приложения, потому что никто не дает ему ссылку на другие объекты (и классы каким-то образом скрыты, но это другая история, называемая: загрузка классов).