В версиях iOS до 5 вы можете прокручивать iframe на iPad / iPhone двумя пальцами, но это немного скрытая функция, и большинство людей об этом не знают. Я не уверен, почему прокрутка пальцем не работает для вашего iframe - возможно, какой-то JavaScript перехватывает сенсорное событие?
В iOS 5 это исправлено, и прокрутка работает, как ожидается, для фреймов одним пальцем.
Если вам нужно прокрутить субрегион страницы на iOS 4 и более ранних версиях, лучше всего использовать библиотеку, такую как iScroll, которая реализует прокрутку с обработкой сенсорных событий JavaScript.