Вики и Google - ваш друг.
Есть программа LEDA, в которой вы можете написать некоторый код и анимировать графики, у них также есть некоторые примеры.
http://www.algorithmic -solutions.com / leda /
родным языком является C ++, но вы также можете перенести на него немного java.
Более того, Flex имеет несколько библиотек на графиках, вы можете увидеть их демонстрации и примеры.