Java является кроссплатформенной, MySQL также. Ваш сервер приложений может работать на одном сервере, а база данных - на другом. Вы даже можете иметь свой Appserver в Linux и свою базу данных в Windows и свой клиент в MacOS.
Если вы столкнулись с какой-либо конкретной проблемой, пожалуйста, сообщите нам, но все должно быть прозрачно, если вы не написали очень плохой код Java ...