Это зависит от того, какая из них загружается первой, потому что (до .NET 4) в процесс можно загрузить только одну версию среды выполнения. Либо объект .NET 1.1 загружается первым, а объект .NET 2.0 падает; или сначала загружается объект .NET 2.0, и, надеюсь, объект .NET 1.1 работает.
Возможно, вам следует рассмотреть возможность обновления объекта .NET 1.1 для работы в 2.0. Если вы этого не сделаете, то либо ваше приложение не будет работать, либо объект .NET 1.1 будет загружен в 2.0 независимо от этого.