В файле, который я использую, я объединил две ветви одну за другой с мастером. Итак, у меня были branch1, branch2 и master. Сначала я слил branch1, а затем branch2. В финальной версии файла в master у меня появляются сообщения типа
<<<<<<<<HEAD
branch2-messages
========
Branch1-message
>>>>>>>> branch1
branch2-messages - это конкретное изменение филиала в файле, а Branch1-message - это конкретное изменение филиала1 в файле.