Плагины - это просто библиотеки, загруженные из определенного каталога, гемы загружаются через Bundler или RubyGems напрямую.
Где это действительно имеет значение - это обслуживание и управление.Что происходит, когда вам нужен самый последний и лучший плагин authlogic, вам нужно обновить файлы в вашем каталоге.Это не так уж плохо, когда это один плагин, но что насчет того, что постоянно обновляется?Существовала / существует существующая система для упаковки и распространения кода (RubyGems), которая пригодна для управления такими вещами.
Еще раз рассмотрим пример с аутентификацией, что произойдет, если новая версия теперь требует какой-то другой зависимости?С RubyGems файл gem явно определяет эту взаимосвязь, а система плагинов - нет, и такое определение было бы излишним.
С появлением Bundler в rails 3.x это стало оченьлегко управлять и распространять драгоценные камни, которые использует ваш проект.
TL; DR: Плагины - это, в основном, драгоценные камни без информации об упаковке.