Я только что столкнулся с подобной проблемой, также после того, как была обновлена только IDE (eclipse).Я думаю, что это может быть ошибкой.
Я использую xdebug, а не Zend Debug, и отладка HTML работает нормально.Cli debug (любой способ, который вы пытаетесь, просто не отлаживает)
Из того, что я вижу, директивы отладки для отладки Cli не загружают правильный файл php.ini и устанавливают по умолчанию какой-либо простой файл vanilla??(следовательно, почему он не находит ваши директивы zend ini)
Я могу видеть это, создав простой файл .php, который просто выводит phpinfo () Когда cli запускается (или отлаживается) из eclipse, вы получаете:(и у меня /etc/php5/apache2/php.ini в моем «необязательном» расположении файла php.ini в prefs)
----- snip ---- ....
Путь к файлу конфигурации (php.ini) => / etc / php5 / cli Загруженный файл конфигурации => /tmp/zend_debug/session1681149270511982227.tmp/php.ini
..... ---- snip ----
Запуск этого из реальной командной строки дает: (ubuntu 10.10)
----- snip ---- ....
Путь к файлу конфигурации (php.ini) => / etc / php5 / cli Загруженный файл конфигурации => /etc/php5/cli/php.ini
..... ----- snip ----
Если вы устанавливаете свои точки останова в eclipse и запускаете скрипт из оболочки, точки останова активируются (в моем случае он даже запускается в папку zend_debug, и я использую xdebug)