RTL влияет только на отображение текста, но не на передачу. Не уверен, что может означать «перепутать», но я бы посоветовал вам внимательно взглянуть на свойство MailMessage.BodyEncoding По умолчанию используется ASCII, он не подходит для отправки символов, используемых в языке RTL. Если это не помогает, подумайте, что проблема может быть вызвана тем, что вы используете почтовый ридер. Возможно, он не поддерживает RTL или не может обрабатывать миксы.