Используйте инструкцию RDTSC x86, она считывает часы с момента запуска системы.
Редактирование: На целевых объектах x86-64 использование встроенной сборки больше невозможно, используйте либо внутреннюю, либо внешний связанный объектфайл, который был сгенерирован ассемблером.Не забудьте очистить конвейер процессора перед использованием этой инструкции.