Действительно, MIME-типы не лучший способ убедиться, что пользователь загрузил действительный файл, поскольку его легко подделать, если вы знаете, как.
Но когда файл публикуется, вывсегда можно проверить тип MIME следующим образом:
$Type = $_FILES['someFile']['type'];
Возможно, вы могли бы использовать класс php, чтобы определить, что это действительный PDF-файл, например FPDF (http://www.fpdf.org/)
Что ж, удачи в любом случае)