У нас есть несколько устаревших систем, которые работают с другими базами данных, чем наша "официальная" система.Я всегда сохранял разные строки подключения в webconfig и выбирал нужную мне строку в своем коде.
ConnectionString = WebConfigurationManager.ConnectionStrings["PDM"].ConnectionString;
Лично я бы все это сохранил в web.config.