Восстановление объектов с необходимыми параметрами:
$('object embed').each(function (index, element) {
//
var $element = $(element);
var $object = $element.closest('object');
$element.attr('wmode', 'transparent');
$object.append('<param name="wmode" value="opaque" />');
//
var $updated = $($object[0].outerHTML);
$updated.find('div').remove();
//
$object.after($updated).remove();
});