Вопрос называется «Отключить службу Windows ...», но все ответы говорят о том, как остановить службу.
Большая часть того, что вы найдете в Google, заключается в том, что вы можете обновить реестр, чтобы отключить службу, используя что-то вроде этого:
RegistryKey key = Registry.LocalMachine.OpenSubKey(@"SYSTEM\CurrentControlSet\Services\[YourServiceName]", true);
key.SetValue("Start", 4);
Я не пробовал этот метод, но похоже, что он будет работать. Я также предложил другой метод, который использует sc.exe для отключения службы:
Process sc = Process.Start("sc.exe", "config [YourServiceName] start= disabled");