Лучший способ сделать это - использовать статические блоки.
1) Создать файл phtml в / template / catalog / navigation
<?php $_categories = $this->getCurrentChildCategories(); ?>
<ul>
<?php foreach ($_categories as $_category): ?>
<?php if($_category->getIsActive()): ?>
<li>
<a href="<?php echo $_category->getURL() ?>" title="<?php echo $this->htmlEscape($_category->getName()) ?>"><?php echo $this->htmlEscape($_category->getName()) ?></a>
</li>
<?php endif; ?>
<?php endforeach; ?>
</ul>
2)Создать статический блок "Подкатегории"
{{block type="catalog/navigation" template="catalog/navigation/subcategory.phtml"}}
3) Назначить статический блок для необходимой категории (вкладка "Настройки отображения" -> Режим отображения = только статический блок и выбрать блок CMS "Подкатегории")