Я бы предположил, что проблема в Toast.makeText(this, "TimerMethod Running "+number, Toast.LENGTH_SHORT).show();
в вашей функции TimerMethod - вы не можете вызывать какие-либо функции, относящиеся к пользовательскому интерфейсу, из рабочих потоков. Поскольку у вас уже есть тост в той части, которая выполняется в потоке пользовательского интерфейса, почему у вас есть еще один в TimerMethod?
Для отладки я бы рекомендовал использовать Log как можно больше вместо Toast.