Ответ - «Нет». Модули слияния не поддерживают все таблицы в файлах MSI. Идеальный перевод из модуля слияния в MSI будет невозможен (за исключением, может быть, в тщательно продуманных ситуациях:).
Ответ, который Уильям дал об использовании загрузчика / цепочника, является правильным способом справиться с этой ситуацией.