Ни csc.exe, ни vb.exe не используют Reflection.Emit для создания управляемого кода по очевидной причине, что они не записаны в управляемом коде.
Компилятор F # написан на управляемом коде. Для вывода сборок IL используется собственный бэкэнд IL Writer. Однако компилятор F # также поддерживает внутренний интерфейс Reflection.Emit, который используется в F # Interactive (REPL для F #).
Компиляторы IronPython и IronRuby используют Reflection.Emit, в некоторой степени, я считаю.