Java Script выполняется на стороне клиента,
Вероятно, вам нужно выполнить ajax-вызов для выполнения сценария оболочки на сервере.
Использование DWR Direct Web Remotting . Вызовите метод Java из сценария Java и в этом методе выполните сценарий оболочки, например
rtime = Runtime.getRuntime();
Process child = rtime.exec(/bin/bash);