В случае, если это кому-нибудь пригодится, я получил то же сообщение об ошибке и понял, что причиной этого является двоеточие в URI пространства имен, то есть "http://whatever". Я конкатенировал URI пространства имен к ресурсам и свойства напрямую, а не регистрация пространства имен как символа, поэтому ресурс или свойство может выглядеть как "http://hl7.org/fhir/:Observation",, который, конечно, имеет два двоеточия и поэтому не следует за" QName :: = (NCName ':' )? NCName "формат производства.
Я исправил это, сначала зарегистрировав пространство имен в модели:
model.setNsPrefix("fhir","http://hl7.org/fhir/");
и добавление пространства имен в мои ресурсы и свойства:
Resource root = model.getResource("fhir:Patient");
root.addProperty(model.createProperty("fhir:Patient.identifier"), patient.identifier);