Mono не является портом среды выполнения .Net.Со страницы «Что такое Mono?» :
Это реализация .Net Framework с открытым исходным кодом, основанная на стандартах ECMA для C # и Common Language Runtime.
Вполне возможно, что реализация некоторых функций в Mono может быть быстрее, чем реализация .Net.
Другая возможность состоит в том, что выполняемый код не так оптимизирован, как мог быбыть.Возможно, посмотрите, есть ли узкие места или петли, которые можно изменить?