Вы можете использовать общие условия в инвертированной форме как условие для правила разрыва / пропуска:
# stop processing if one of these conditions are fulfilled
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} \.(gif|jpe?g|png|js|css|swf|php|ico|txt|pdf)$ [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -l
RewriteRule ^ - [L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.clientcollabhq\.com$ [NC]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.)?([^\.]+)\.clientcollabhq\.com$ [NC]
RewriteRule ^(.+)$ /index.php?subdomain=%2&kohana_uri=$1 [PT,L,QSA]
RewriteRule ^(.+)$ /index.php?kohana_uri=$1 [PT,L,QSA]
Теперь каждый запрос, соответствующий одному из этих условий, будет применять это правило и, таким образом, завершать процесс переписывания.