Я бы переместил все в проект библиотеки Flex. Затем создайте проект AIR, а также проект приложения Flex, который обращается к общему коду в проекте библиотеки Flex. Таким образом, вам не нужно поддерживать две разные кодовые базы для общего кода, и вы также можете иметь код, специфичный для каждой версии.