Поместите все недоступные файлы в папки, а затем поместите новый файл .htaccess в каждую папку, содержащую:
order deny,allow
deny from all
Это предотвратит доступ HTTP к этим папкам в Apache (другие серверы будут иметь эквивалентные опции). Мы используем это для предотвращения доступа к incldue/
, который содержит libs, статический конфиг и т. Д.