Вы действительно должны использовать очистку, предоставляемую фреймворком - Zend (PDO, ORM).Если вы этого не сделаете, то, вероятно, что-то уже идет не так.
Существует так много случаев внедрения вредоносного кода, что, чтобы исключить все из них, вам придется найти / свернуть свою собственную структуру длябыть в безопасности.