Просто установите «Инструменты разработки C / C ++» из CDT (см. Eclipse.org/cdt/downloads.php) - достаточно одного этого пакета, другие пакеты CDT не нужны. Это не будет мешать вашей среде Java ;-) Тогда у вас есть «Launch Groups» для любого проекта, включая проекты Java. Смотрите следующий скриншот:
Вы можете запускать или отлаживать проекты (также в смешанном режиме), определять время задержки и так далее. Веселись!