Существуют ли 64-разрядные версии RPM MySQL GUI Tools?
SQuirreL или любой инструмент с графическим интерфейсом, построенный на Java, будет работать. Вам просто нужен 64-битный JRE.
[Изменено]
MySql Query Browser и MySql Workbench оба разработаны на основе архитектуры x86-64.