Обычно используется архитектура MVC, такая как Cairngorm, и структура именования обратного домена. Итак, проект разделен на Model, View, Controller, ..... Пример Cairngorm показан здесь:
ProjectName
-assets
--images
-lib
-locale
-src
--com
---company
----project
-----model
-----events
-----view
-----controller
-----business
-----delegates
-----views
------components
-----util
-----vo
-Main.mxml
-Style.css
Тогда, если вы добавите источник третьей стороны, они станут:
com/thirdparty/component
Пост здесь дает дополнительные пояснения по каждой папке.
Это клиентская часть приложения, и я обычно видел, как серверная часть приложения разделена на собственную структуру папок.