Отсутствие "удобных для пользователя" стековых трасс (пришедших из Haskell, это было похоже на гигантский шаг назад), но в конце концов вы к этому привыкаете и учитесь прокладывать себе путь из слизи / стебля.
Все еще снятся кошмары о днях, когда у нас не было leiningen (путаница классов, сценарии запуска, ад "управления" зависимостями).
Он значительно улучшился и улучшается с каждым выпуском, который кажется.