Я бы порекомендовал макет git-репозитория с именем проекта в качестве корня, под которым будет лежать весь ваш источник, включая задания cron, сценарии БД, модульные тесты, код библиотеки, а также исходный код PHP в вашем корне www. Например:
projectName
|
+ cron jobs
+ db_scripts
+ libs (third party libraries)
+ php library code (e.g. database access, models, utilities etc)
+ tests
+ www_root
|
+ images
+ etc...
index.php
...
+ etc...