Сохраните номер версии (строку) в файле настроек и запросите его в методе onCreate.
Если строка версии соответствует строке текущей версии, просто продолжите работу с приложением без каких-либо действий.
Если строка версии не соответствует текущей строке версии, отобразите диалоговое окно.
Надеюсь, это имеет смысл.