Да, вы можете установить переменную объекта для окна с изменяемым размером.Оставьте второй параметр, имя окна, таким же.Открытое окно будет обновлено.
Посмотрите здесь: Ссылка в значительной степени все функции window.open описаны в этой статье.
Итак, что-то вроде:
window.open ("www.example.com", "mywindow","width:100,height:100");
//something happens here, so you need to resize the window
window.open ("www.example.com", "mywindow","width:250,height:250");