Поскольку вы используете бесплатную версию Dotfuscator, которая выполняет только переименование, ваша проблема с производительностью, скорее всего, не связана с какими-либо накладными расходами при запутывании строковых литералов (поскольку эта функциональность отсутствует в этой версии).
Если вы используете сериализацию и запускаете sgen на своих сборках до того, как их запутать, не включая сборки sgen, которые могут вызвать проблемы с производительностью.
Само по себе переименование обычно не зависит от производительности и повышает производительность из-за меньших двоичных размеров и уменьшенных размеров таблицы строк. Единственное, что я бы порекомендовал, это запустить профилировщик в запутанной программе и попытаться найти горячие точки, которые могут дать вам некоторые сведения в областях, которые могут содержать ключ к решению проблемы.