Вы можете скачать sh.exe (Bash) для win32, который позволит вам запускать один и тот же скрипт на обеих платформах. На окнах тогда вам нужно всего лишь sh.exe script.sh
Я использую этот метод все время, потому что программирование на BAT является таким бесполезным и ужасным занятием, тратящим время.
http://unxutils.sourceforge.net/
РЕДАКТИРОВАТЬ: Ой, подождите, я думал, что вы пытаетесь запустить скрипт PHP на веб-сайте (например, через wget) Я не уверен, каковы последствия запуска PHP как CLI на win32.