Вот макрос, который установит текущую конфигурацию для запуска calc.exe. Это должно быть тривиально переработать это для вашей реализации IWizard:
Dim project As Project = DTE.Solution.Projects.Item(1)
Dim config As Configuration = project.ConfigurationManager.ActiveConfiguration
config.Properties.Item("StartAction").Value = VSLangProj.prjStartAction.prjStartActionProgram
config.Properties.Item("StartProgram").Value = "C:\Windows\system32\calc.exe"